پیشینه تأسیس رشته زمین‌شناسی در دانشگاه خوارزمی به تأسیس رشته علوم طبیعی متشکل از زمین‌شناسی و زیست‌شناسی توسط مرحوم دکتر عبدالکریم قریب بازمی‌گردد. اما در سال ۱۳۵۳ بود که به همت ایشان زمین‌شناسی و زیست‌شناسی به صورت دو رشته مجزا به همراه رشته فیزیک در دانشکده تازه تأسیس علوم پایه شکل گرفت.
حضور اساتید به نام و برجسته نظیر دکتر ابراهیم امین‌سبحانی، دکتر یعقوب لاسمی، دکتر عبدالمجید یعقوب‌پور، دکتر سیروس پارسی، دکتر جواد الیاسی و دکتر حسین معین‌وزیری سبب شد که گروه زمین‌شناسی یکی از گروه‌های پیشگام در برنامه‌ریزی و اجرای دوره تحصیلات تکمیلی در کشور به حساب آید. در این گروه آموزشی برای اولین بار در سال ۱۳۶۴ دوره کارشناسی ارشد و در سال ۱۳۶۹ دوره دکتری راه‌اندازی شد.
با توجه به فعالیت‌های آموزشی و پژوهشی گروه و گستردگی کار و تغییرات سیاست‌های دانشگاه بر اساس تصمیم مسئولین گروه آموزشی زمین‌شناسی در سال ۱۳۹۲ به دانشکده ارتقاء یافت. در حال حاضر این دانشکده شامل سه گروه زمین‌شناسی، زمین‌شناس کاربردی و ژئوشیمی می‌شود. تاکنون(۱۴۰۰) تعداد ۶۳۶ نفر در هر چهار مقطع کاردانی،کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری فارغ‌التحصیل شده‌اند. شایان ذکر است در حال حاضر تعداد زیادی از فارغ‌التحصیلان این دانشکده در مؤسسات، مراکز مختلف دولتی و خصوصی، در امور آموزشی، پژوهشی و تحقیقاتی در حال خدمت‌رسانی به میهن اسلامی‌مان هستند.