امکانات آماده­ سازی مقاطع در دو واحد تهران و کرج متمرکز شده و مجهز به طیف گسترده­ای از دستگاه­های برش، آسیاب، صیقل و جداسازی کانی­ها (زیرکن) برای نمونه­ های زمین ­شناسی است. مقاطع نازک، نازک-صیقلی، صیقلی و دوبرصیقل در این کارگاه­ تهیه می­شود. کارگاه تهیه مقطع دارای تجهیزات زیر است:

• دستگاه تهیه مقاطع صیقلی مجهز به نگهدارنده نمونه (۶ مقطع صیقلی مدل Po۱D۳۰-H)
• دستگاه قالب گیری مقاطع صیقلی مدل MONO۳۰W
• دستگاه میکروبرش
• دستگاه دیسکوپلان مدل ME۲۰۰۴
• دستگاه برش (دستگاه Borromini مدل Venere ساخت ایتالیا)